五之岛是二周目剧情的重要区域，包含了火箭队仓库、遗迹山谷、点之穴等多个关键地点。要在此区域高效收集更多宝可梦，需优先完成火箭队仓库的密码任务。进入仓库需输入两段密码，第一段多多少少、少少多多可从灯火山的火箭队员处获得，第二段大大小小，小小大大需在点之穴击败澄夫后取得。仓库内宝可梦以毒系和恶系为主，建议携带超能力或地面系技能应对。
完成仓库任务后，需前往六之岛的点之穴获取蓝宝石。洞穴内部为迷宫结构，路线顺序为上、左、右、下，最终击败火箭队研究员夺回蓝宝石。此过程中可遭遇钢系与岩石系宝可梦，如小拳石、大岩蛇等。返回五之岛提交蓝宝石可解锁地区通讯功能，这是触发稀有宝可梦出现条件的关键步骤。遗迹山谷的未知图腾需通过推石头解谜激活，需携带会怪力的宝可梦调整石块位置。
五之岛西侧的老爷爷会赠送精灵蛋，孵化后可获得特殊宝可梦。前往不归之穴与训练家秋穗对战，展示特定宝可梦能获得随机道具奖励。七之岛的训练之塔是捕捉高等级宝可梦的场所，建议队伍平均等级达到60级以上再挑战。华蓝洞窟需用冲浪术抵达，内部栖息着超梦等传说宝可梦，需准备大量高级球和状态恢复道具。
灯火山区域可反复刷取火系宝可梦，如烈焰马、鸭嘴火龙等。使用黄金喷雾剂能提高稀有宝可梦出现概率，配合首位放置49级宝可梦可优化遭遇机制。双子岛需用怪力术移动冰块，急冻鸟位于最底层水域。红莲岛废弃研究所内可能遭遇梦幻，但需满足全国图鉴解锁条件。最终回到水蓝市可收服挡路的卡比兽，其下方隐藏道具剩饭可通过探宝器定位获取。
