舰船的操作技巧是决定战斗效率和资源采集速度的关键因素。首先需要明确的是，舰船的调动和行动指令会消耗策略值，因此合理规划指令的使用顺序和时机至关重要。调动指令是最基础的移动方式，允许舰船在地图上自由移动，而行动指令则用于攻击特定目标或建筑。增援指令可以快速将舰队加入战斗，且不占用指挥值，但需注意增援后的航行速度会调整为常规移动速度，可能影响整体机动性。
驻守指令可用于保护资源带或建筑，但需要两支舰队同时执行才能覆盖整个计划圈区域。攻城指令则由同盟领袖发起，能够协调成员共同攻击城市目标。在编队时，战列巡洋舰和航母由于指挥值需求较高，通常不直接编入主力舰队，而是通过增援功能突破指挥值限制。需曲速航行中的舰队若被增援，将自动转为常规航行，因此增援时机需谨慎选择。
工程船的操作技巧直接影响资源采集效率。工程船首次抵达计划圈时会使用曲率航行，之后转为常规移动，因此将矿区中心点设置在计划圈边缘靠近基地的位置能最大化曲率航行比例。升级工程船的工程无人机系统可显著提升采集速度和仓储容量，而替换为更高级的工程船（如X10替代X能大幅提高效率。采矿平台可节省计划圈并提升采集效率约10%-30%，但仅限同盟成员使用，可能引发矿区争夺。
封锁指令可用于自动刷野怪获取经验，但需根据野怪等级调整舰队配置。7级及以上野怪通常成对出现，可派遣主力舰队和垃圾船分别应对以形成单挑局面。中立1级基地是刷经验的理想地点，其护卫舰和驱逐舰舰队击败后可提供大量经验，且基地舰队会随时间恢复。战斗中需注意自动撤回功能的默认设置，避免舰队在远距离作战后意外撤回。
战后维修只能在基地船坞进行，预制模块放入舰队仓储无法实现战场维修。撤退时建议使用工程局快速回城，避免暴露基地位置。技术点的分配应优先强化主力舰船的护甲和输出模块，不同舰船类型的技能点不通用，需针对性加点。通过合理运用这些技巧，可以显著提升舰队的综合实力和操作流畅度。
