神兽是游戏中最具挑战性的捕捉目标之一。它们通常拥有强大的力量和独特的技能，分布在特定地点且需要特定条件触发。捕捉前需准备高等级队伍、充足药品及高级精灵球（如超级球、时间球），同时建议携带会麻痹或睡眠技能的精灵以控制神兽状态。战斗中需优先削弱神兽体力至红血状态，并保持其处于异常状态以提高捕捉成功率，30回合后使用时间球效果最佳。
例如冥王龙需在反转世界完成三圣菇任务并击败银河团老大后于最深处出现；三圣菇中的黄圣菇位于英知湖洞窟，红圣菇需通过手表功能13追踪，蓝圣菇则需利用会封印技能的夜骷髅应对。美梦神需在美央市与船长家小孩对话后前往满月岛触发。部分神兽如急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟需完成图鉴后通过帕鲁公园事件解锁追踪。部分洞穴神兽如三神柱需使用攀岩技能深入洞窟，而酋雷姆则需在御龙市冲浪后沿416号道路新出现的路口寻找。
捕捉技巧方面，需针对不同神兽特性制定策略。对高特攻型神兽可派出护城龙等高防御精灵消耗其技能PP值；会逃跑的神兽如红圣菇需先用黑眼神封锁退路。达克莱伊建议用不眠特性精灵抵消其噩梦技能，而钢系神柱需引火特性精灵应对。潜水与冲浪是探索海皇牙、洛奇亚等水系神兽的必备技能，部分隐藏路径如古拉顿所在洞穴需留意不起眼的小路。每次遭遇神兽前务必存档，若捕捉失败可读档重试。
后期神兽如超梦位于蒸汽团基地左侧通道深处，需通关后获得通行证才能抵达。玛娜菲需通过修改器触发不可思议的礼物事件获取蛋孵化，而菲奥奈需玛娜菲与百变怪培育。创世神阿尔宙斯相关剧情需集齐特定道具。部分神兽存在版本独占或联动限定情况，正常游戏流程无法获取的个体需通过特殊渠道补充。捕捉过程中保持耐心，合理分配资源，避免因过度消耗道具影响后续冒险进度。
完成全神兽收集后，玩家可挑战世界联盟等终局内容。神兽队伍能显著降低战斗难度，但需注意部分对战设施会限制神兽使用。建议保留不同属性的神兽应对多样化的战斗环境，同时通过技能机调整招式搭配以发挥最大战力。神兽的隐藏能力如天气操控、领域效果等在团队配合中具有战略价值，值得深入研究。
